经过一番折腾，找到解决方法：

找到Chrome 的安装位置：在Chrome的快捷方式图标上右键->属性->快捷方式->打开文件位置，会弹出 chrome 的安装目录;

在Chrome的安装目录下创建目录 plugins (如果已经有的话就跳过这一步)，以下说的 plugins 目录即为此目录;

进行以下步骤之前，确保已经安装了支付宝安全控件和淘宝数字证书控件(虽然他们目前无法使用，但是我们需要提取里面的一些文件);

复制几个文件，注意是复制，不要剪切(源文件 ==> 目的地)

C:WindowsSystem32aliedit3.1.0.0npaliedit.dll==>plugins

C:WindowsSystem32aliedit3.1.0.0npAliSecCtrl.dll==>plugins

C:WindowsSystem32itruscertNPComBrg701.dll==>plugins

C:Users你的当前Windows用户名AppDataRoamingalipaycfnpalicdo.dll==>plugins

关闭所有浏览器

打开 chrome 浏览器，登录支付宝 ，这时候应该可以看到密码输入框了，登录进入支付宝，右上角点安全中心，找到数字证书，点进去安装数字证书。

关闭所有浏览器，重新登陆支付宝，淘宝，应该已解决所有问题。

PS：以上目录根据系统不同，可能名称有所不同，比如 C:WindowsSystem32aliedit3.1.0.0 里的 3.1.0.0 可能是其他版本号。