第一、安装的时候数据库的表前缀，最好改一下，不用dedecms默认的前缀dede_,可以改成ljs_,随便一个名称即可。
第二、后台登录开启验证码功能，将默认管理员admin删除，改成一个自己专用的，复杂点的账号。
第三、装好程序后务必删除install目录
第四、将dedecms后台管理默认目录名dede改掉。
第五、用不到的功能一概关闭，比如会员、评论等，如果没有必要通通在后台关闭。
第六、以下一些是可以删除的目录：
member会员功能
special专题功能
company企业模块
plusguestbook留言板
以下是可以删除的文件：
管理目录下的这些文件是后台文件管理器，属于多余功能，而且最影响安全
file_manage_control.php file_manage_main.php file_manage_view.php media_add.php media_edit.php media_main.php
再有：
不需要SQL命令运行器的将dede/sys_sql_query.php 文件删除。
不需要tag功能请将根目录下的tag.php删除。不需要顶客请将根目录下的digg.php与diggindex.php删除。
友情链接地方也容易被挂马，可以将数据库中的 dede_flink,dede_mytag表改名之类。
第七、多关注dedecms官方发布的安全补丁，及时打上补丁。
第八、下载发布功能（管理目录下soft__xxx_xxx.php），不用的话可以删掉，这个也比较容易上传小马的.
第九、DedeCms官网出的万能安全防护代码，我发在文章后面，官网的要会员才能看.
为了让大家的CMS更安全，有需要的手工在config_base.php里加上
打开
config_base.php
找到
//禁止用户提交某些特殊变量
$ckvs = Array('_GET','_POST','_COOKIE','_FILES');
foreach($ckvs as $ckv){
if(is_array($$ckv)){
foreach($$ckv AS $key => $value)
if(eregi("^(cfg_|globals)",$key)) unset(${$ckv}[$key]);
}
}
改为下面代码
//把get、post、cookie里的<? 替换成 <?
$ckvs = Array('_GET','_POST','_COOKIE');
foreach($ckvs as $ckv){
if(is_array($$ckv)){
foreach($$ckv AS $key => $value)
if(!empty($value)){
${$ckv}[$key] = str_replace('<'.'?','&'.'lt;'.'?',$value);
${$ckv}[$key] = str_replace('?'.'>','?'.'&'.'gt;',${$ckv}[$key]);
}
if(eregi("^cfg_|globals",$key)) unset(${$ckv}[$key]);
}
}
//检测上传的文件中是否有PHP代码，有直接退出处理
if (is_array($_FILES)) {
foreach($_FILES AS $name => $value){
${$name} = $value['tmp_name'];
$fp = @fopen(${$name},'r');
$fstr = @fread($fp,filesize(${$name}));
@fclose($fp);
if($fstr!='' && ereg("<?",$fstr)){
echo "你上传的文件中含有危险内容，程序终止处理！";
exit();
}
}
}
第十、最安全的方式：本地发布html，然后上传到空间。不包含任何动态内容，理论上最安全，不过维护相对来说比较麻烦。
十一，还是得经常检查自己的网站，被挂黑链是小事，被挂木马或删程序就很惨了，运气不好的话，排名也会跟着掉。所以还得记得时常备份数据.
十二、将一些目录禁止执行脚本，例如 uploads、静态生成目录等
十三、对于后台需要执行的php目录，设置禁止网站匿名用户，具有写入权限。
其它补充：
Dedecms织梦是应用最广泛的开源建站系统，但是安全性一直是它最大的问题，如何解决呢？
方法
以下目录：data、templets、uploads、a设置可读写不可执行权限。其中a目录为文档HTML默认保存路径，可以在后台进行更改。
以下目录：include、member、plus、dede设置为可读可执行不可写入权限。其中后台管理目录(默认dede)，可自行修改。
如果只是使用文章系统并没有使用会员功能,则强推推荐:关闭会员功能、关闭新会员注册、直接删除member目录或改名。
删除install安装目录。
管理员帐号密码尽量设置复杂，发布文章可以新建频道管理员，并且只给予相关权限。
Mysql数据库链接，不使用root用户，单独建立新用户，并给予：SELECT、INSERT、UPDATE、DELETE、CREATE、DROP、INDEX、ALTER、CREATE TEMPORARY TABLES权限。
定期进行备份网站目录和数据库，并在后台进行文件校验、病毒扫描、系统错误修复。
在dedecms的后台更新补丁,尽可能升级为最新版本。
检查有无/data/cache/t.php 、/data/cache/x.php和/plus/index.php 这些木马文件,有的话则应立即删除。
重点查看/plus/config_s.php 此为dedecms里面的流量攻击脚本。
注意事项
也可以安装安全狗软件，但是有时候操作后台时可能会被拦截
更新补丁，尽可能升级为最新版本。