系统方面，上搭载的当然是全新的iOS 9。最为重要的是iOS 9对3D Touch进行了适配，让触摸体验不仅限于UI平面。

而iPhone6 Plus搭载iOS 8系统。虽然的界面风格上与iOS7区别不大，但iOS8系统更加开放与人性化。在锁屏状态下送短消息时，支持在锁屏状态下直接回复短信。另外在多任务栏，也可直接显示最近的联系人名片，并支持自定义编辑。可以直接给他们发邮件、打电话等，大大增强了iOS的效率。

摄像头作为iPhone6s硬件升级的一个重点，与前几代祖传的800万像素摄像头不同的是，iPhone6s搭载了一枚1200万像素摄像头，有力提高了相机的解析力，而像素经过重新构建，像素点之间的干扰信号更少(像是三星的ISOCELL技术)，更高效地利用光，让画面的噪点更低，色彩更通透。

而iPhone6 Plus采用了一颗800万像素的摄像头，每个像素大小1.5微米，最大光圈f/2.2，并采用全新传感器，保留了双色温闪光灯之外还内置了全新的对焦技术。iPhone6 Plus加入了光学防抖功能，使防抖能力以及弱光拍摄表现得到很大提升。

屏幕方面，iPhone6s搭载的是4.7寸屏幕，虽然iPhone6s与iPhone 6的屏幕在尺寸，分辨率以及材质方面改变不大，但关键是iPhone6s搭载了一块与Apple Watch相似的按压式触摸屏，从平面的触摸上升到了三维层次，但与Apple Watch不同的是iPhone6s的3D Touch压力触屏功能相对于在Apple Watch上的应用会更加广范和强悍。而iPhone6 Plus采用5.5英寸LCD屏幕，内置了19201080的分辨率，ppi高达400。

配置方面，iPhone6s搭载了一颗全新的苹果A9处理器，采用14nm制程工艺(暂不确定)，采用3核心架构，主频为1.85GHz，而GPU方面则为双核架构。而iPhone6 Plus采用苹果A8+M8运动协处理器，主频为1.4GHz。配备1GBRAM+16GB ROM。