一般来说，原生系统指区别于定制系统和经过修改的版本。主要是指各操作系统生产商最初建立的模型，各公司在模型的基础上再不断改进和优化，生产出不同的新版本。

以android为例，原生android是指Google公司发布的最原始纯净的安卓系统，没有经过手机厂商的任何修改。安卓，即Android，本义指“机器人”，同时也是Google于2007年11月5日宣布的基于Linux平台的开源手机操作系统的名称，该平台由操作系统、中间件、用户界面和应用软件组成，号称是首个为移动终端打造的真正开放和完整的移动软件，在这个原生android的基础上有了不少经过修改的android版本，如 oms，lephone，MIUI等..

严格来说，目前真正预装原生安卓系统手机的只有 谷歌Nexus One(HTC G5)和 谷歌Nexus S(三星I9020)，其他所有(请注意没有特例)的都不是原生安卓系统，原生系统的好处在于可以享受到官方最快的OTA版本更新，相比较来说稳定性非常高。

相比定制系统，原生安卓的兼容性好，但UI界面比较简陋且操作不够人性化，定制的兼容性稍差，不过UI很漂亮且操作简便人性化。